BIOTEKNOLOGI n til netop denne teknologi. Den bioinformatiske analysemetode er tilgængelig på https://github.com/EvdH0/poreFUME_paper, så alle kan efterprøve analysen. Nøjagtigheden af resistensgen-identifikationen sammenlignet med Sanger-metoden var ca. 97%. Alligevel kunne vi med metoden identificere de 26 forskellige resistensgener, der var til stede i patientens tarm. Det viste sig, at nogle af generne gav resistens over for nogle af de antibiotika, som patienten blev behandlet med under opholdet på intensivafdelingen. Resultaterne og metoden blev offentliggjort i januar i det videnskabelige tidsskrift Nucleic Acid Research [2]. Nanopore-sekventering kan føre til personlig behandling Kombinationen af funktionel metagenomik og nanoporesekventering er et lovende alternativ til andre sekventeringsteknologier og kan bruges til hurtigt at give en resistensgen-profil, f.eks. i tarmsystemet. En sådan profil kan føre til personlig antibiotikabehandling hos patienter med høj risiko for at udvikle resistens. Med mere målrettet behandling, hvor lægerne udvælger medicin, der ikke ”tricker” bestemte resistensgener i tarmen, vil man få en langt mere effektiv behandling og formentligt undgå at accelerere udviklingen af antibiotikaresistens. For at personlig behandling skal blive virkelighed, er der dog brug for flere undersøgelser af, hvordan antibiotikabehandling påvirker resistens-profilen samt hvordan den efterfølgende personlige behandling påvirker resistens-profilen. Men konklusionen lader til at være, at nanopore-sekventering er et effektivt værktøj til at udføre sådanne undersøgelser hurtigt og effektivt. E-mail: Eric van der Helm: evand@biosustain.dtu.dk Anne Lykke: annly@biosustain.dtu.dk Referencer 1. S ender, R., Fuchs, S. & Milo, R. Revised Estimates for the Number of Human and Bacteria Cells in the Body. PLOS Biol. 14, 1-14 (2016). 2. v an der Helm, E. et al. Rapid resistome mapping using nanopore sequencing. Nucleic Acids Res. (2017). doi:10.1093/nar/gkw1328 LabDays 2017 Fagmesse for laboratorieteknik n LSB Temamøde n Laboratorieudstyr n Diagnostik n Bioteknologi n Forskning n Kvalitetskontrol n Fagkonferencer n Over 85 udstillere Århus 20. - 21. september labdays.dk dansk kemi, 98, nr. 6/7, 2017 21
Download PDF fil
Se arkivet med udgivelser af Dansk Kemi her
TechMedias mange andre fagblade kan læses her